Shinichi Kudo, 17 ans est un détective lycéen, grand fan de Sherlock Holmes, excellent joueur de football de surcroît. Ami d'enfance de Ran Mouri, fille du minable détective Kogoro Mouri, Shinichi éprouve des sentiments à son égard, sentiments réciproques mais que aucun ne veux avouer à l'autre. C'est donc ainsi que tous les deux iront ensemble au parc d'attractions de la ville de Beika. C'est là que Shinichi, ayant été témoin d'un trafic d'armes, va être assommé et sera obligé d'avaler un poison dont les effets sur l'homme sont encore inconnus ! Aussi le poison eut un effet plutôt imprévisible sur le brillant détective : il va rajeunir de 10 ans ! Il se réfugie donc chez lui, où il vit seul depuis l'âge de 14 ans. Il décide alors d'aller demander conseil à son voisin, le professeur Agasa, inventeur de gadgets à gogo !
C'est alors que Ran arrive en trombe, morte d'inquiétude après la fuite de Shinichi au parc d'attractions.
Imaginez sa surprise quand elle se retrouve face à face avec nos deux compères ! Aussi, pour éviter de poser des problèmes relatifs à son identité ( si les "Hommes en noir", =les trafiquants, responsables de son état actuel savent qu'il est encore en vie, Shinichi ou son entourage peut avoir de sérieux problèmes ! ), le jeune détective déclare s'appeler Conan Edogawa, en hommage à Conan Doyle et Ranpo Edogawa. Au professeur d'ajouter que Conan est son neveu ainsi que le cousin de Shinichi ! Agasa ira même jusqu'à demander à Ran d'héberger le petit Conan chez elle, prétextant que ses parents sont partis à l'étranger ! Ce dernier conseillera même à Conan de retourner à l'école primaire, toujours dans le but de ne pas éveiller les soupçons sur sa véritable identité.
C'est ainsi que le petit détective va se retrouver hébergé chez sa petite amie et qu'il aidera le père de celle-ci à résoudre des enquêtes toutes plus difficiles les unes que les autres, à l'aide des nombreux gadgets confectionnés par les petits soins du professeur Agasa. En outre, le père de Ran est un bien piètre détective, aussi, Conan va faire de Mouri un célèbre privé pour qu'on lui confie ainsi plus d'enquêtes et par là pouvoir retrouver la trace des Hommes en Noir. Eh oui, car s'il a rapetissé, le jeune Conan a toujours 17 ans d'âge mental !
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